Perteneció a una familia de artistas que comenzó con su tío Joaquín Cortés (1776-1835) y de la que también formaron parte su hermano Antonio Cortés y Aguilar que inició la rama francesa y los hijos de este André, Jeanne Marie y Edouard Cortés.
Andrés Cortés y Aguilar se formó artísticamente en la Real Escuela de las Tres Nobles Artes de Sevilla. Sus obras representan principalmente vistas de las ciudades de Sevilla y Granada, tipos populares y escenas costumbristas, aunque también realizó paisajes, retratos y bodegones. Una de sus lienzos más conocidos y logrados es La Feria de Sevilla que fue realizada en 1856 y muestra el aspecto de la primitiva Feria de Abril cuando era únicamente una feria de ganado. Existen 3 versiones de esta obra que son propiedad respectivamente del Ayuntamiento de Sevilla, el Museo de Bellas Artes de Bilbao e Hijos de Ybarra S. A. Otros lienzos salidos de su pincel pueden contemplarse en el Museo Romántico de Madrid, la Colección Bellver de Sevilla y el Museo Carmen Thyssen-Bornemisza (Málaga).